La capacidad de los filtros HEPA viene determinada por el caudal de aire que pueda filtrar, pero adicionalmente el tiempo que se tarda en regenerar por completo el aire de un entorno cerrado es muy superior al necesario para ser infectado.
Por otro lado, las condiciones de rendimiento se ven negativamente influidas por las condiciones de mantenimiento y este es caro y complejo. los filtros usados son un elemento altamente contaminante, tanto por su propia composición, como por los elementos volátiles y patógenos que han ido acumulando durante su uso.